あちらに書いたりこちらに書いたりしていてわかりにくいですが、NEC Express5800/110Geというマシンを買ってカード削りをしてRD2400Proを使ったグラフィックスボードを挿したところ正常に動作して描画が速くなったけど動画がちらつくようになってしまったと言う話です。
ちょびっと調べたところATIのドライバが駄目ということらしいですが、システム->設定->外観の設定の視覚効果タブの中の設定を”視覚効果無し”に設定すれば動画がちらつかなくなることが分かりました。まあ、余計な視覚効果が無くても実用上問題ないというかいままでもなかったので視覚効果無しで行くことにします。